La dernière façon dont les fréquences alléliques peuvent changer dans une population est l'arrivée de nouveaux individus dans la population (immigration) ou le départ d'individus de la population (émigration). En particulier pour les populations qui sont assez proches les unes des autres géographiquement, qui peuvent occasionnellement échanger des individus.
Le flux génétique a eu de lourdes conséquences sur notre société. Au début des années 1990, des gènes d’une variété de Riz génétiquement modifié se sont retrouvés dans des rizières soi-disant "naturelles", les contaminant ainsi avec de nouveaux gènes. Cette situation a coûté des millions de dollars en dommages et a entraîné la suspension des exportations de riz des États-Unis .
En termes de diversité, le flux génétique peut augmenter ou diminuer la variation au sein d'une population. On peut dire que le flux génétique redistribue la variation entre les populations.
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